Afrodisias kenti, deprem kuşağındaki konumu nedeniyle, tarihi boyunca pek çok depremden şiddetle etkilenmiştir. Özellikle 4. yüzyıl ve 7. yüzyılda burada büyük depremler olduğu bilinmektedir. 4. yüzyıl depremi ayrıca Afrodisias'ın bulunduğu mevkide su akış mecralarını da değiştirmiş, kentin bazı kısımlarını su baskınlarına maruz kalmaya müsait bir hale getirmiştir.