در مراسم بزرگداشت پدر طالقانی در حسینیهٌ ارشاد(1377) 2000تن برای بنیانگذاران سازمان مجاهدین خلق ایران ابراز احساسات کردند. در مراسمی که به‌مناسبت بزرگداشت رحلت پدر طالقانی در تهران در حسینیهٌ ارشاد برپا گردید، انبوه جمعیت شرکت‌کننده در این مراسم برای بنیانگذاران کبیر سازمان مجاهدین خلق ایران، مجاهدین شهید، محمد حنیف‌نژاد، سعید محسن و اصغر بدیع‌زادگان به‌طور یکپارچه ابراز احساسات کردند و پرشورترین عواطف خود را نثار این پیشتازان و قهرمانان بزرگ آزادی میهن نمودند. ‌یکی از شرکت‌کنندگان از جمعیت خواست تا برای ادای احترام به شخصیتهای برجستهٌ تاریخ معاصرایران ازجمله دکتر مصدق، پدر طالقانی، دکتر شریعتی، حنیف‌نژاد، سعید محسن و بدیع‌زادگان صلوات بفرستند. بالغ بر دوهزار نفر از جمعیت حاضر در سالن که با شنیدن اسامی شهیدان بنیانگذار سازمان مجاهدین به‌وجد آمده بودند، ‌با کف‌زدن ممتد، احترام و حمایت خود را نسبت به آنان ابراز داشتند.
حافظان قرآن در روزگار تاریک نقل از کتاب «خمینی، دجال ضدبشر» ظهور مجاهدین و موج حمایت مردمی از آنها، باعث شد که خمینی دچار انزوا گشته به‌حاشیه رانده شود. در مقابل، مجاهدین در جایگاه رهبری جنبش قرار گرفتند. در سال‌1351، وقتی که رژیم شاه تصمیم به اعدام بنیانگذاران مجاهدین گرفته بود، ‌کم نبود فعالیتها و افشاگریهایی که از جانب روحانیان و طلاب در حوزه‌های مختلف برای مخالفت با این جنایت بزرگ صورت می‌گرفت. فی‌المثل مهمترین روحانیان استان فارس نامه‌یی خطاب به آیت‌الله میلانی نوشته، از وی «تقاضای اقدام برای رفع خطر از جوانان مسلمان مجاهدی که در ایران محکوم به اعدام شده‌اند»، کردند. در این نامه از جمله گفته شده بود: «عده‌یی از جوانان مسلمان مجاهد که جز انگیزهٌ دینی و جهاد در راه اسلام عزیز داعیهٌ دیگری نداشتند، ‌به‌عناوینی در محاکم نظامی محاکمه و حکم اعدام دربارهٌ آنها صادر شده است. ‌اینها حافظ و قاری قرآنند و در این روزگار تاریک مبلغ اسلامند…» پس از شهادت بنیانگذاران و اعضای مرکزیت مجاهدین، اطلاعیه‌های متعددی از جانب روحانیان در شهرهای مختلف صادر شد. ازجمله در تیرماه‌1351 اطلاعیه‌یی با امضای حوزهٌ علمیه قم صادر شده که در قسمتی از آن چنین آمده است: «…رزمندگان با ایمانی چون حنیف‌نژادها، ‌سعید محسن‌ها، بدیع‌زادگان‌ها، ناصر صادق‌ها، باکری‌ها، از بنیانگذاران سازمان مجاهدین خلق ایران را اعدام کردند و از همین راه، ‌خصلت دست‌نشاندگی و ضداسلامی خود را آشکارتر نمودند. رزمندگان مجاهدی را شهید ساختند که اصالتهای فکری اسلامی و دید صحیح و انقلابی از قوانین آزادیبخش قرآن تعیین‌کنندهٌ جهت جنبش آنان بوده و مرگ شرافتمندانهٌ خود را لقاء‌الله می‌دانستند…» در اطلاعیهٌ حوزهٌ علمیهٌ قم مورخ تیرماه‌1351 هم‌چنین آمده بود: «‌به‌دنبال این آدمکشیها، ‌روحانیون مترقی حوزهٌ علمیهٌ قم به‌منظور اعتراض به این وحشیگریها و نیز اعلام پشتیبانی از اهداف مقدس و اسلامی این رزمندگان مسلمان مجلس ترحیم و سخنرانی در مدرسهٌ فیضیه تشکیل دادند و تظاهرات برپا ساختند…» نظیر این موضعگیریها، ‌در اطلاعیه‌های دیگری با امضای «روحانیون مبارز ایرانی خارج از کشور‌‌ـ نجف»، «حوزهٌ علمیهٌ قم» دیده می‌شود. در همان زمان منتظری در نامه‌یی به تاریخ 15‌صفر‌1392 برابر 1351‌هجری شمسی خطاب به خمینی چنین نوشت: حضرت آیت‌الله‌العظمی مدظله‌العالی پس از تقدیم سلام و تحیت، به عرض عالی می‌رساند چنان‌چه اطلاع دارید عد‌هٌ زیادی از جوانهای مسلمان و متدین گرفتارند و عده‌یی از آنان در معرض خطر اعدام قرار گرفته‌اند. تصلب آنان نسبت به شعائر اسلامی و اطلاعات وسیع و عمیق آنان بر احکام و معتقدات مذهبی معروف و مورد توجه همهٌ آقایان و روحانیین واقع شده است و بعضی از مراجع و جمعی از علمای بلاد اقداماتی برای تخلص آنان کرده‌اند و چیزهایی نوشته شده. ‌به‌جا و لازم است از طرف حضرتعالی نیز در تأیید و تقویت و حفظ دماء آنان چیزی منتشر شود. ‌این معنی در شرایط فعلی ضرورت دارد، چون مخالفین سعی می‌کنند آنان را منحرف قلمداد کنند. ‌البته کیفیت آن بسته به‌نظر حضرت‌عالی است. ‌در خاتمه از حضرتعالی ملتمس دعای خیر می‌باشم. والسلام علیکم و رحمة‌الله و برکاته ـ حسینعلی منتظری. فتوای خمینی در این میان، خمینی اگرچه شاهد پرت‌افتادگی و تنزل موقعیت خود بود، اما به‌رغم همهٌ هشدارهای مکرر سایر آخوندها، ‌جز سکوت نمی‌توانست عکس‌العملی ابراز کند. ‌زیرا اولاً، ماهیت و مواضعش با مبارزه و مقاومت انقلابی و مسلحانه که مجاهدین به آن کمر بسته بودند، ‌به‌کلی در تعارض بود. ‌فرصت‌طلبی و مفتخوری که پیشهٌ خمینی در تمام زندگی سیاسی او بود، ذره‌یی سازگاری با مشی مسلحانه که یکسره بر پرداخت بها و فداکاری بی‌چشمداشت ‌استوار است، نداشت. ثانیاً، هرگونه تأیید صریح مجاهدین، لاجرم به تأیید نقش رهبری‌کنندهٌ آنان در جنبش مبارزهٌ آن روز منجر می‌شد. حال آن‌که خمینی از همین زاویه بیشترین حقد و حسدها را نسبت به مجاهدین داشت. با این‌همه، سرانجام خمینی ناگزیر شد که بدون آن‌که نام مجاهدین را بیاورد،‌ فتوای اختصاص دادن یک‌سوم سهم امام به‌جوانان مسلمان میهن‌دوست را صادر کند که در آن روزگار کسانی جز مجاهدین نبودند…